员工违反公司制度被罚款时，可能存在法律风险，以下举例说明：1、规章制度不合法致罚款无效。若公司罚款制度未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表协商确定，且未公示告知员工，该制度无效，依此罚款行为亦无效。例如，某公司自行制定迟到罚款200元制度，未履行民主程序且未公示，直接从工资扣除罚款，员工有权要求返还。2、罚款金额超限违法。即便制度合法，罚款金额超员工当月工资20%，或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，超出部分违法。比如员工月薪5000元，公司罚款1500元，超20%（1000元）的500元需退还。
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员工违反公司制度被罚款是否合法，需结合制度合法性与罚款行为合规性判断：公司罚款非必然合法，需满足法定条件：-制度未经民主程序（如未经职代会全体职工讨论）或未公示告知，罚款因无合法依据不合法；-制度合法但罚款超月工资20%，或扣除后工资低于最低工资标准，超出部分不合法；-员工无经济损失，仅因违规被罚款，属惩罚性罚款，无法律依据，通常不被支持。
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处理员工违规罚款时，特殊情况或影响结果：1、违规涉及违法犯罪。员工违规同时违法犯罪的，公司不能仅依制度罚款，需配合司法机关调查。此时公司应暂停内部罚款程序，待司法机关处理后，再依司法结果和制度综合决定后续处理，会导致处罚流程延迟和不确定。2、制度公示但内容违法。制度经民主程序制定并公示，但若含违法罚款条款（如对无经济损失的违纪高额罚款），该条款无效，公司依此罚款不合法，员工有权拒付并要求返还已扣款。3、员工对罚款有异议并申请仲裁。员工申请劳动仲裁后，仲裁裁决前公司不得强行执行罚款。仲裁中公司需举证罚款合法性，无法举证将被裁决无效，公司需返还罚款，直接影响结果。
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员工违规罚款合法性可依据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第四条及《工资支付暂行规定》（1994年版）第十六条分析：-《劳动合同法》第四条要求：制度制定需民主程序（职代会全体职工讨论，与工会协商）并公示；-《工资支付暂行规定》第十六条规定：仅可扣除因员工原因造成的经济损失，每月扣除不超月工资20%，且不得低于最低工资标准，但不赋予惩罚性罚款权；-因此，员工被罚款合法的前提：制度合法有效、员工行为造成经济损失、罚款金额符合法定限额，否则违法。

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